Kościół św. Mikołaja jest najstarszą budowlą sakralną Fordonu, choć większość murów obecnej świątyni zostało zbudowanych w latach międzywojennych. Pierwszy drewniany kościół został zbudowany po drugiej lokacji miasta przez Władysława Jagiełłę w 1424. Wcześniej na nabożeństwa mieszczanie udawali się do Wyszogrodu do kościoła św. Marii Magdaleny, który stanowił najstarszy kościół parafialny w okolicy, istniejący co najmniej od XII wieku.
Zniszczenie Wyszogrodu w 1330 spowodowało translokację ośrodka osadniczego 2 km na wschód w rejon dzisiejszego Fordonu. Późniejsze lokacje Władysława Opolczyka i Władysława Jagiełły utwierdziły ten stan.
W latach 30. XV wieku centrum życia parafialnego zostało przeniesione z Wyszogrodu do Fordonu. Skutkowało to opuszczeniem i stopniowym upadkiem kościoła wyszogrodzkiego, natomiast budową nowej świątyni w Fordonie.
Pierwsza świątynia drewniana spełniała swoją funkcję do końca XVI wieku. W 1691 w miejscu spalonego kościoła został postawiony nowy budynek, różniący się od poprzedniego dobudowaną od północy kaplicą pw. św. Anny. W I połowie XVIII wieku świątynia została gruntownie odnowiona.
Po odzyskaniu niepodległości w 1920 Fordon ujednolicił się narodowościowo. Podczas gdy zmniejszające się społeczności ewangelików i żydów posiadały okazałe obiekty kultu religijnego: zbór oraz synagogę, miejscowych katolików nie satysfakcjonował niewielki obiekt sakralny, za mały jak na potrzeby społeczności. Prace rozpoczęto w 1926 od rozbiórki nawy i kaplicy starej świątyni. Wznoszenie nowej części kościoła wykonano w latach 1927–1928. Rozbudowa świątyni zmieniła radykalnie formę budowli z małego późnogotyckiego kościółka na majestatyczną, neobarokową budowlę dominującą nad starym Fordonem.
Po wojnie, mimo wielu trudności kontynuowano prace remontowe i drobne inwestycje. Wystawiony został nowy ołtarz św. Barbary, wyposażono kościół w nowoczesne oświetlenie i megafonizację, wymieniono i wyremontowano organy. W 1959 prof. Konrad Dargiewicz z Torunia wykonał freski na sklepieniu kościoła.
12 czerwca 1980 w wyniku uderzenia pioruna, spłonęła wieża kościelna. W efekcie przeprowadzonego remontu w 1982 zmieniono barokowy hełm wieży i obito go blachą miedzianą.
Znaczącą renowację kościoła podjęto w latach 90. XX wieku. W 1994 odnowiono elewację fasady świątyni, w 1995 odnowiono wieżę oraz zainstalowano na niej zegar, a w 1998 zamontowano zewnętrzną iluminację świetlną.
źródło: pl.wikipedia.org/wiki/Kościół_św._Mikołaja_w_Bydgoszczy
